自從只對女性才能操縱的超級兵器「IS (Infinite Stratos」問世，世界變成女尊男卑的社會。培育IS操縱者的學校「IS學院」每年接納來自世界各地的優秀候補生少女。然而，誤入試驗會場並意外啟動IS的織斑一夏，作為「世界上唯一能操縱IS的男性」被強制送入學院就讀。一夏「萬紅叢中一點綠」的校園生活波瀾壯闊地展開！