2095年，魔法不再是一種虛無縹緲的幻想，而是一種已經應用了近一個世紀的科學技術。在例行的新生入學的春天，國立魔法大學附屬第一高中，通稱「魔法科高中」，迎來了一對兄妹。哥哥是什麼事都拿得起放得下的「二科生」，而妹妹是對兄長抱有超越血親感情的「一科生」。伴隨著兩人的入學，平穩的日常生活開始變得波瀾萬丈...