復讐之地，東京。即將被闇之鮮血染紅201X年，冬。因為七原文人的實驗失去一切的小夜，為了進行復仇從浮島前往東京。然而當時東京正受到文人和其所屬秘密組織塔的完全支配，文人更藉由在浮島所獲得的數據，開始在暗地裡進行某種實驗。小夜偶然搭救了被「古物」襲擊的少女柊真奈，原來真奈是網路反抗組織薩拉特的一員，他們為了揭發塔的陰謀而暗中活動著。利害關係一致的兩人，決定聯手向文人發出最後的挑戰...