在太陽系遭到神秘的異生物‧奇居子破壞後，少數倖存的人類被迫搭上宇宙船賽德尼亞，踏上在巨大行星間的旅途。出航後過了約1000年，與祖父悄悄住在賽德尼亞地底下的谷風長道，在祖父去世後，因為糧食耗盡而前往地上時，因為偷米的嫌疑而遭到逮捕。然而，他因為某種緣故受到了保護，並進入衛人操縱士訓練學校。在學校等待他的，是除了祖父外第一次接觸到的人類…