強敵怪獸與過去的宿敵相繼現身，其中更有神秘的黑色超人力霸王「黑暗X」、「黑暗捷德」。超人力霸王傑洛和超人女孩格麗喬落入了具有創造黑暗超人戰士能力的黑暗殺手之中。為了解決這場危機，超人力霸王太郎召集了銀河、勝利、歐布、X、羅布、捷德、大河、ZERO...等多位「新世代英雄」，與黑暗軍團展開對決！